ATOKをインストールして標準設定ではMicrosoft IMEが優先されてしまいます。
使用するたびに切り替え操作が面倒なので標準設定にATOKを設定しましょう。
「コントロールパネル」から「地域と言語のオプション」を開いて「言語」タブのテキストサービスと入力言語の「詳細」をクリックします。
すると以下のような画面が現れます。

「設定」タブからコンピュータを起動するときに使用する入力言語をドロップダウンリストから選んで「日本語-ATOK」を設定します。
これで再起動するとATOKが標準のIMEになって幸せになれます。
自分は更にMicrosoft IMEを削除しています。
「テキストサービスと言語設定」からMicrosoft IME関連、また使うことのないであろうオプションも削除します。
そうすると不要な言語バーも消えて起動も速くなって気分的にも速度的にもすっきりです。
ATOKを利用している人ならWinodwsを起動するときにMicrosoft IME関連のスタートアップを削除するのもオススメです。
詳しくはmsconfig.exeで起動高速化を見て下さい。